As obras da igreja iniciaram-se em 1498, em anexo ao antigo Hospital da Misericórdia. O templo foi construído parcialmente em cima das ruínas das muralhas primitivas de Lagos, como foi comprovado pela descoberta de vestígios da muralha dentro do altar-mor, durante trabalhos arqueológicos. Assim, o local onde se situa a igreja estava situado imediatamente no exterior do antigo núcleo urbano de Lagos, numa área que tinha uma grande importância por ser o local onde a Ribeira dos Touros desembocava na Ribeira de Bensafrim. A moldura de cantaria na porta lateral foi instalada nos princípios do século XVI, e a igreja foi alvo de obras de expansão em 1556 e de reparação em 1657.O portal provavelmente terá feito parte do primeiro edifício, enquanto que as molduras das janelas e o nicho superior podem ter sido colocadas nessa altura, ou acrescentadas posteriormente.

Igreja de Santa Maria